El 20 de noviembre de 1542 mediante cédula Real se organizó el corregimiento de Guayaquil. A este pertenecía la tenencia de Babahoyo con sus parroquias de Ojiva, Caracol, Quilca y Mangache.
Al quedar establecida la gobernación de Guayaquil el 27 de agosto de 1707 con siete partidos, aparece Babahoyo como uno de ellos con las mismas parroquias que tenía cuando era tenencia.
A Carlos Betemberg y Platzaert se le atribuye la fundación de Santa Rita de Babahoyo, conocida también como bodegas en razón de que en este lugar funcionaban las Aduanas Reales, además de que se embodegaban todos los productos para distribuirlos entre sierra y costa.
Esta población estuvo ubicada en la rivera derecha del río Catarama y San Pablo, en lo que en la actualidad es la parroquia de Barreiro.
El 30 de marzo de 1867 ocurrió un pavoroso incendio que destruyó Santa Rita de Babahoyo. Ante dicho acontecimiento el presidente Jerónimo Carrión ordenó que los pobladores se trasladen a un nuevo lugar y ocupen la margen izquierda del río Babahoyo, en terrenos que fueron donados por la familia Flores Jijón.
Convenios
El 27 de mayo de 1869, las oficinas públicas empezaron a laborar en lo que hoy es la actual ciudad, por lo tanto en esta fecha se celebra la fundación de la nueva Babahoyo.
Entre los acontecimientos históricos se encuentran: las luchas por la independencia en 1820, en donde se estableció el cuartel general del Ejercito Libertador.
En la guerra entre la Gran Colombia y el Perú, en 1828 – 1829, Babahoyo fue escenario de algunas operaciones. Posteriormente en la guerra civil de 1834, se realizó la famosa conferencia de Babahoyo en agosto del mismo año.
En la hacienda La Elvira, cuyo propietario fue Juan José Flores, se produjeron sangrientos combates el 3 y el 9 de mayo de 1845, entre las tropas del General Flores y las revolucionarias.
En la hacienda la Virginia, propiedad que perteneció a Olmedo, se firmaron los convenios de paz el 17 y 18 de junio de 1845, poniendo fin a la dominación floreana en el Ecuador.
En La Virginia, Olmedo escribió parte de su poesía épica: La Victoria de Junín y la Oda de Miñarica en honor al General Flores.
Un grupo de hombres valerosos integraron el famoso y recordado batallón Babahoyo.
Nombre del cantón
Algunos historiadores afirmaron que la tribu indígena de los Racba Ocllos fundaron en la península bañada por los ríos San Pablo y Caracol.
El pueblo de Racba Ocllos, debido al cambio hecho en la pronunciación por los españoles quedó como Babahoyo.
Otra versión dice que l nombre de Babahoyo se deriva de los indígenas llamados Babahuyus que vivieron en la misma península y a la vez formaban parte de la confederación Huancavilca.
Etimológicamente la palabra es de origen colorado, de acuerdo a Otto Von Buchwald quien fue uno de los pocos científicos que hizo estudios lingüísticos en relación a los pueblos primitivos.
La palabra Babaolio está compuesta de dos términos: Baba y Olio, siendo su significado Gavilán Negro.
Cantonización
Según la Ley de División Territorial del 23 de junio de 1824, dictada por el Congreso de la República de Colombia y firmada el 25 de junio por Francisco de Paula Santander, se reconoce a Babahoyo como uno de los cantones de la provincia de Guayaquil.
Al nacer la provincia de Los Ríos por Decreto Ejecutivo del 6 de octubre de 1860, dictado por Gabriel García Moreno, Babahoyo pasa a formar parte como capital.
(Libro: Los valores cívicos del riosense)